El Colegio de San Juan Siglo XXI desde su edificación, ha pasado por sucesos que fueron parte esencial de la vida de Matamoros y del país, sucesos que lo marcaron históricamente, pero también en su estructura la cual recibió modificaciones constantes para lograr la conservación de este inmueble que a partir de 1994 fue declarado edificio histórico y empezó la etapa de restauración para recuperar su apariencia original del siglo XIX, siendo uno de los 2 edificios de la ciudad dedicados a la educación que cuenta en su haber con más de 100 años. En el año 2000 concluye su restauración convirtiéndose en la única escuela especializada en música en el estado. Esta readecuación constó de 2 etapas una finalizó en el año 2000 y la otra en el 2004, se espera por medio de la gestión del Director de ésta Institución tener una tercera etapa, la cual constaría de la construcción de un Teatro con capacidad de aproximada de una 500 personas, para poder fortalecer las instalaciones y tener un lugar cerrado propio, donde se pudieran presentar los ensambles, Orquesta de Cámara, la Orquesta Sinfónica y Ópera de la Escuela Superior de Música. Por el momento el Colegio de San Juan Siglo XXI se divide en varias áreas cada una con una función específica.